影响物流运输成本居高不下的因素很多，其中有人的因素，如专业人员缺乏，战略成本意识和全员成本意识的不足等；有技术层面的因素，如运输技术装备的落后、先进的管理技术手段和管理信息系统不够普及、运输规划不科学等；有制度方面的原因，成本的核算、考核制度的不健全等；也有政策层面的原因，如运输资源的重复投资、重复建设，造成资源的无谓浪费，综合运输规划不合理等。
  由于物流功能要素之间存在效益悖反，物流其他功能要素对运输成本的降低也起到重要的影响。如为了降低运输成本，组织大规模运输、成组运输、大批量、少批次运输有利于节约运输成本，但这无疑会增加物流的仓储成本，造成企业资金积压，不利于资金的快速循环和周转，增加财务成本。
  反之，为降低仓储成本，企业可以采用「零库存」等先进的生产和管理理念，把库存的压力转嫁给运输、配送、生产环节，采用多批次、小批量的采购模式，在降低库存成本的同时，必然会增加运输成本。
  影响运输成本的因素是多样化、综合性的，这就要求对运输成本的分析要采用系统的观点，进行综合分析。在控制物流运输成本的过程中，也要进行综合治理，多管齐下。

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